프로파일링의 오버헤드도 분명히 존재한다. 이때, 프로파일링 오버헤드를 무시하고, 전체적으로 연산들이 차지하는 연산 시간의 비율을 측정하는 일을 in-depth 프로파일링이라고 한다. 이때 시간 제한이 걸린 알고리즘들이 존재한다면 상황이 많이 복잡해진다.