윈도우 매니저는 엑스윈도우 시스템의 외형을 결정짓는 프로그램이다. 윈도우 메뉴의 구성, 마우스 버튼의 동작, 스크롤 바, 아이콘 등을 윈도우 매니저가 결정한다. 쉘(Shell)의 종류가 여러 가지가 있고, 윈도우에서도 프로그램 매니저 외에 다른 프로그램들을 쉘로 사용할 수 있듯이 XFree86에서도 사용하는 윈도우 매니저가 여러 가지가 있다. 윈도우 매니저마다 모양과 기능의 차이가 있고, 마우스 버튼을 사용하는 것도 차이가 있다.