pybind를 사용한 애플리케이션과 사용자 사이의 계층을 나누어 보면 user → os → python → pybind → cpp binary 로 볼 수 있다. 이때 user ← os ← python 까지는 가능하다. 하지만 그 이후 python ← pybind ← cpp binary 가 어려운 편이다. 또한 pybind는 반드시 리턴을 받아야 한다. 그래서 pybind에서 호출한 c 모듈에서 실행한 스레드가 모두 조인되기 전까지는 다음 라인을 실행하지 않는다는 문제가 있다.